日本語の言語パックが原因なので単純に削除して英語にするというもの
ユーザ\AppData\Local\SceneBuilder\app\dist.jar
の拡張子を.zipに変更
zipのまま開く
com/oracle/javafx/scenebuilder/app/i18n/SceneBuilderApp_ja.properties を削除
自動的に保存されるのでしばらく待つ
これでEclipseから呼び出しても文字化けしない